Pour commencer une revue de littérature, il est important de planifier et de documenter sa revue de littérature en rédigeant un protocole. Réaliser cette étape avant même d'entreprendre les démarches et les recherches permet d'éviter certains biais qui pourraient survenir en cours de projet. Le protocole d'une revue de littérature sert de guide pour l'équipe de recherche : c'est un plan de travail permettant de contextualiser la revue de littérature et surtout de conserver toutes les traces des manipulations et de la stratégie prévues et des décisions prises dans un but de reproductibilité de la recherche, de transparence et de rigueur.

Le protocole doit comprendre minimalement ces informations :

• Titre;
• Auteur;
• Question de recherche, par exemple sous le format PICO;
• Plan de concepts;
• Critères d'exclusions;
• Bases de données à interroger;
• Type d'évaluation utilisé, par exemple les méthodes PRISMA ou STARLITE.

Il existe des gabarits pour élaborer un protocole, en voici quelques exemples (en anglais) : 

• PRISMA-P (liste de vérification)
• Protocol Template : Systematic Review (Université de Warwick)
• Template for a systematic literature review protocol (Université Durham)
• Evidence Synthesis Protocol Template;
• S'il s'agit d'une étude de portée, cet article offre en annexe la liste des éléments à inclure dans un protocole.

Une fois le protocole rédigé, il faut l'enregistrer dans un registre reconnu et/ou le publier dans une revue. Selon le type de revue produit, l'enregistrement ou la publication peut être obligatoire (ex. revue systématique) ou facultatif (ex. examen de portée). Quelques exemples de registres et de revues sont listés dans les onglets ci-haut. Des revues comme Systematic Reviews, qui accepte seulement les protocoles de revues systématiques en cours, encouragent les chercheurs à enregistrer d'abord leur protocole dans un registre avant de le soumettre à la revue.

Lorsque la revue de littérature est terminée et publiée, il faut mettre à jour le statut du protocole dans le registre. Afin de minimiser les biais, il est préférable de ne pas modifier le protocole, mais si toutefois cela devait être nécessaire, toute modification doit être clairement mentionnée et surtout justifiée dans une version finale de celui-ci.